Shinji mulai bersekolah di sekolah barunya di Tokyo-3, dan mengalami kesulitan menghadapi ketenaran sebagai pilot Evangelion. Touji Suzuhara, yang adik perempuannya terluka dalam pertarungan Shinji melawan Malaikat, marah pada Shinji. Malaikat baru muncul, dan Shinji sekali lagi harus mengemudikan EVA-01 untuk mengalahkannya.
