Setahun telah berlalu sejak SAO dibereskan. Dipanggil oleh Kikuoka dari Divisi Virtual di Kementerian Dalam Negeri dan Komunikasi, Kazuto mengetahui tentang serangkaian pembunuhan aneh yang terkait dengan game VR populer, Gun Gale Online (GGO), satu-satunya game di Jepang yang dimainkan oleh para profesional.
